При направлении судебной экспертизы в экспертное учреждение судья направляет руководителю экспертного учреждения постановление о назначении судебной экспертизы и материалы, необходимые для ее производства.

После получения постановления, руководитель экспертной организации поручает производство судебной экспертизы конкретному эксперту или нескольким экспертам, обладающим необходимыми знаниями и навыками в исследуемых вопросах. При этом руководитель экспертного учреждения, за исключением руководителя государственного судебно-экспертного учреждения, разъясняет эксперту его права и ответственность, предусмотренные ст.57 УПК РФ.

Руководитель экспертного учреждения несет персональную ответственность за соблюдение сроков проведения экспертизы, за полноту и качество проведенного экспертного исследования. Таким образом, он является ответственным за своевременное и качественное проведение судебной экспертизы.

Ведомственными нормативными актами об организации производства судебных экспертиз установлены сроки производства экспертиз в зависимости от количества объектов и сложности исследования.

Руководитель экспертного учреждения вправе возвратить без исполнения постановление о назначении судебной экспертизы и материалы, представленные для ее производства, если в данном учреждении нет эксперта конкретной специальности или специальных условий для проведения исследовании, при этом необходимо указать обоснованную причину возврата. Так же экспертная организация вправе возвратить без исполнения постановление, если представленных материалов недостаточно для производства судебной экспертизы.

При необходимости экспертная организация может привлечь к производству экспертизы специалистов, обладающих специальными познаниями. Обычно это происходит при необходимости специфических исследований в конкретной области знаний (строительных, металловедческих, искусствоведческих, геммологических и т.п. экспертиз). Такие экспертизы, как правило, проводятся специалистами научно-исследовательских учреждений соответствующего профиля.

Руководитель экспертного учреждения перед ознакомлением с материалами дела экспертом, разъясняет ему процессуальное положение эксперта согласно ст.85 ГПК РФ  и предупреждает об ответственности за дачу заведомо ложного заключения согласно ст. 307 УК РФ.

Образцы для сравнительного исследования следователь направляет эксперту, как правило, с постановлением о назначении экспертизы, вместе с другими материалами, необходимыми для производства экспертизы; об этих всех материалах указывается в постановлении о назначении экспертизы.

Суд и стороны судебного процесса вправе присутствовать при производстве судебной экспертизы, получать разъяснения эксперта по поводу проводимых им действий. Тем самым, стороны получают дополнительные возможности: 1) для разъяснения эксперту существа поставленных вопросов и значимости данных, которые эксперт, возможно, не учитывал; 2) для выяснения вопросов о необходимости предоставить дополнительные материалы; 3) для оценки заключения эксперта; 4) для содействия эксперту в получении материалов. Факт присутствия сторон при производстве судебной экспертизы отражается в заключении эксперта.

Заключение эксперта состоит из трех частей - вводной, исследовательской и выводов.

В вводной части указываются дата, время и место производства судебной экспертизы, основания производства судебной экспертизы, должностное лицо, назначившее судебную экспертизу, сведения об экспертном учреждении, а также фамилия, имя и отчество эксперта, его образование, специальность, стаж работы, ученая степень и (или) ученое звание, занимаемая должность, сведения о предупреждение эксперта об ответственности за дачу заведомо ложного заключения, вопросы поставленные перед экспертом, объекты исследования и материалы, представленные для производства судебной экспертизы, а также данные о лицах, присутствовавших при производстве судебной экспертизы.

Вопросы эксперту приводятся без изменений в точном соответствии с постановлением о назначении экспертизы. Эксперт указывает в своем заключении об отсутствии у него специальных познаний, если он считает, что поставленные вопросы выходят за рамки его квалификации.

Эксперт вправе обратиться к лицу, назначившему судебную экспертизу за разъяснениями по поводу вопросов поставленных в постановлении о назначении экспертизы.

Во второй части подробно описывается процесс экспертного исследования, применяемые методики исследования, обстоятельства, обнаруженные при этом экспертом, при необходимости -- другие существенные моменты. В этой же исследовательской части указываются использованные при проведении исследования материалы.

Исследовательская часть экспертного заключения должна быть изложена языком понятным для лиц, не обладающих специальными познаниями. При невозможности обойтись без специальных терминов, их смысл должен быть разъяснен. Если эксперт пользовался нормативными актами, правилами производства отдельных видов экспертиз, он указывает это в своем заключении.

Выводы эксперта не могут противоречить описательной части заключения. Выводы эксперта должны быть четкими, ясными, не допускающие двоякое их понимание. При неясности содержания вопросов эксперт указывает в заключении, как он понимает тот или иной вопрос.

Если при производстве судебной экспертизы эксперт установит обстоятельства, которые имеют значение для дела, но по поводу которых ему не были поставлены вопросы, то он вправе указать на них в своем заключении в качестве дополнения.

“Материалы, иллюстрирующие заключение эксперта (фотографии, схемы, графики и т.п.), прилагаются к заключению и являются его составной частью. Для устранения неясности заключения, разъяснения терминов, используемых в заключении, а также в других случаях, суд вправе по собственной инициативе либо по ходатайству сторон допросить эксперта для разъяснения данного им заключения.

Не допускается допрашивать эксперта, когда необходимо получить дополнительные сведения в связи с данным заключением. В таком случае назначается дополнительная экспертиза.

В целях полноты и всесторонности расследования, обеспечения состязательности и равноправия сторон и права обвиняемого на защиту, заключение эксперта или его сообщение о невозможности дать заключение, а также протокол допроса эксперта предъявляются следователем подозреваемому, обвиняемому, его защитнику, которым разъясняется при этом право ходатайствовать о назначении дополнительной либо повторной судебной экспертизы.

Эксперт, выполнивший экспертизу, лично упаковывает все подлежащие возвращению материалы дела. Упаковка должна обеспечивать их сохранность, исключать доступ к содержимому без ее нарушения, иметь необходимые пояснительные надписи и подпись эксперта. Упаковка опечатывается печатью.